Antes de hacer algun UPDATE general en una tabla que modificará todo su contenido es importante hacer un backup de esta en otra tabla, phpmyadmin permite hacerlo muy facilmente con Operaciones > copiar la tabla a (con estructura y datos).

Una vez hecho el cambio, si queremos restaurar el backup

Simple y sencillo tendremos de vuelta nuestros datos.

Evidentemente para modificaciones mayores hay que hacerlo de otras formas, mysqldump, mysqlimport, replicacion a esclavos, snapshots esto es una solucion sencilla para salir del paso rápido.

Podeis consultar otras formas de backup en la propia pagina de documentacion de MySQL http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/backup-methods.html