Cuando creas un nuevo proyecto con Eclipse, en mi caso un nuevo proyecto Mercurial, si no creas el proyecto específicamente con soporte PHP, no se lo puedes agregar más tarde, al menos en modo gráfico.
Existe solución al problema: entra en la carpeta en la que has creado el proyecto y busca el archivo oculto project, en Linux (.project), edítalo:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<projectDescription>
<name>stocks</name>
<comment>
Cloned from default ([protocolo]://[tu_ruta]/)
</comment>
<projects></projects>
<buildSpec></buildSpec>
<natures></natures>
</projectDescription>
Y cámbialo por:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<projectDescription>
<name>stocks</name>
<comment>
Cloned from default ([protocolo]://[tu_ruta]/)
</comment>
<projects></projects>
<buildSpec>
<buildCommand>
<name>org.eclipse.php.core.PhpIncrementalProjectBuilder</name>
<arguments>
</arguments>
</buildCommand>
<buildCommand>
<name>org.eclipse.php.core.ValidationManagerWrapper</name>
<arguments>
</arguments>
</buildCommand>
</buildSpec>
<natures>
<nature>org.eclipse.php.core.PHPNature</nature>
</natures>
</projectDescription>
Después crea un nuevo proyecto PHP y copia los archivos que tendrá tu proyecto en la carpeta oculta .settings a la carpeta .settings de tu proyecto.
Cierra Eclipse y vuelve a abrirlo: tendrás un proyecto Mercurial con soporte PHP.