Al instalar phpMyAdmin en una versión 4 o superior, hay algo que no me gusta nada y que hace que el programa se vuelva inútil y difícil de manejar: el límite de tablas a mostrar de una base de datos es 50 !!!! Eso es poquísimo: un PrestaShop por defecto tiene unas 250 (no hablemos de Magento, Brrrr), hasta osCommerce tiene 50 tablas y cualquier software a medida medianamente grande tendrá más de eso. Entiendo que va bien para WordPress...
Para cambiar esto simplemente has de buscar dónde se encuentra en tu sistema el archivo config.inc.php ; en mi caso, en Ubuntu he ido a buscar el archivo en /etc/phpmyadmin/config.inc.php , y allí en las primeras líneas ya indica:
// Load autoconf local config
if (check_file_access('/var/lib/phpmyadmin/config.inc.php')) {
require('/var/lib/phpmyadmin/config.inc.php');
}
En una instalación nueva este archivo estará vacío, con lo que abriremos el archivo y pondremos lo siguiente:
<?php
$cfg['MaxNavigationItems'] = 500;
?>
Si queremos modificar cualquier otro aspecto de la configuración de phpMyAdmin solo tenemos que visitar http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/config.html y cambiar lo que sea para ponerlo a nuestro gusto.