Al instalar phpMyadmin en una versión 4 o superior, hay algo que no me gusta nada y que hace que el programa se vuelva inutil y dificil de manejar, el límite de tablas a mostrar de una base de datos es 50 !!!! eso es poquísimo un prestashop por defecto tiene sobre 250 (no hablemos de magento, Brrrr) hasta el oscommerce tiene 50 tablas y cualquier software a medida medianamente grande tendrá mas de eso, entiendo que va bien para wordpress...

Para cambiar esto simplemente has de buscar donde se encuentra en tu sistema el archivo config.inc.php en mi caso en Ubuntu he ido a buscar el archivo en /etc/phpmyadmin/config.inc.php y alli en las primeras lineas ya indica:

// Load autoconf local config
if (check_file_access('/var/lib/phpmyadmin/config.inc.php')) {
    require('/var/lib/phpmyadmin/config.inc.php');
}

En una instalación nueva este archivo estará vacio con lo que abriremos el archivo y pondremos lo siguiente:

<?php

$cfg['MaxNavigationItems'] = 500;

?>

Si queremos modificar cualquier otro aspeto de configuración de phpmyadmin solo tenemos que visitar http://docs.phpmyadmin.net/en/latest/config.html y cambiar lo que sea para ponerlo a nuestro gusto.